Changeset 5:bbf0cc5bee29 in AnnotationManagerN4J


Ignore:
Timestamp:
Jul 3, 2012, 7:23:17 PM (13 years ago)
Author:
casties
Branch:
default
Message:

version 0.2 really works now

Files:
5 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • pom.xml

    r4 r5  
    44        <groupId>de.mpiwg.itgroup.annotations</groupId>
    55        <artifactId>AnnotationManagerN4J</artifactId>
    6         <version>0.0.1-SNAPSHOT</version>
     6        <version>0.2.0-SNAPSHOT</version>
    77        <properties>
    88                <project.build.sourceEncoding>UTF-8</project.build.sourceEncoding>
    … …  
    2222                        </snapshots>
    2323                </repository>
    24         <repository>
    25             <id>maven-restlet</id>
    26             <name>Public online Restlet repository</name>
    27             <url>http://maven.restlet.org</url>
    28         </repository>
     24                <repository>
     25                        <id>maven-restlet</id>
     26                        <name>Public online Restlet repository</name>
     27                        <url>http://maven.restlet.org</url>
     28                </repository>
    2929        </repositories>
    3030        <dependencies>
    … …  
    7171                        </exclusions>
    7272                </dependency>
    73         <dependency>
    74             <groupId>log4j</groupId>
    75             <artifactId>log4j</artifactId>
    76             <version>1.2.14</version>
    77         </dependency>
    78         <dependency>
    79                 <groupId>commons-codec</groupId>
    80                 <artifactId>commons-codec</artifactId>
    81                 <version>1.4</version>
    82         </dependency>
     73                <dependency>
     74                        <groupId>log4j</groupId>
     75                        <artifactId>log4j</artifactId>
     76                        <version>1.2.14</version>
     77                </dependency>
     78                <dependency>
     79                        <groupId>commons-codec</groupId>
     80                        <artifactId>commons-codec</artifactId>
     81                        <version>1.4</version>
     82                </dependency>
    8383        </dependencies>
    8484        <build>
     85                <finalName>AnnotationManager</finalName>
    8586                <pluginManagement>
    8687                        <plugins>

  • src/main/java/de/mpiwg/itgroup/annotations/Annotation.java

    r4 r5  
    5151     */
    5252    protected String creatorUri;
     53   
     54    /**
     55     * The full name of the creator of this annotation.
     56     */
     57    protected String creatorName;
    5358   
    5459    /**
    … …  
    156161
    157162    /**
     163     * @return the creatorName
     164     */
     165    public String getCreatorName() {
     166        return creatorName;
     167    }
     168
     169    /**
     170     * @param creatorName the creatorName to set
     171     */
     172    public void setCreatorName(String creatorName) {
     173        this.creatorName = creatorName;
     174    }
     175
     176    /**
    158177     * @return the created
    159178     */

  • src/main/java/de/mpiwg/itgroup/annotations/neo4j/AnnotationStore.java

    r4 r5  
    99
    1010import org.apache.log4j.Logger;
     11import org.neo4j.graphdb.Direction;
    1112import org.neo4j.graphdb.GraphDatabaseService;
    1213import org.neo4j.graphdb.Node;
    … …  
    5960        annot.setBodyText((String) annotNode.getProperty("bodyText", null));
    6061        annot.setBodyUri((String) annotNode.getProperty("bodyUri", null));
    61         Iterable<Relationship> targets = annotNode.getRelationships(RelationTypes.ANNOTATES);
    62         for (Relationship target : targets) {
     62        // get annotation target from relation
     63        Iterable<Relationship> targetRels = annotNode.getRelationships(RelationTypes.ANNOTATES);
     64        for (Relationship targetRel : targetRels) {
     65            Node target = targetRel.getEndNode();
    6366            annot.setTargetBaseUri((String) target.getProperty("uri", null));
     67            // just the first one
    6468            break;
    6569        }
    … …  
    6973            annot.setFragmentType(FragmentTypes.valueOf(ft));
    7074        }
    71         Iterable<Relationship> creators = annotNode.getRelationships(RelationTypes.CREATED);
    72         for (Relationship creator : creators) {
     75        // get creator form relation
     76        Iterable<Relationship> creatorRels = annotNode.getRelationships(RelationTypes.CREATED);
     77        for (Relationship creatorRel : creatorRels) {
     78            Node creator = creatorRel.getStartNode();
    7379            annot.setCreatorUri((String) creator.getProperty("uri", null));
     80            annot.setCreatorName((String) creator.getProperty("name", null));
     81            // just the first one
    7482            break;
    7583        }
    … …  
    8694     */
    8795    public Annotation storeAnnotation(Annotation annot) {
     96        Node annotNode = null;
    8897        Transaction tx = graphDb.beginTx();
    89         Node annotNode = null;
    90         String id = annot.getUri();
    91         if (id == null) {
    92             id = createRessourceURI("annot:");
    93         }
    94         annotNode = createAnnotationNode(id);
    95 
    9698        try {
    97             // Mutating operations go here
     99            /*
     100             * create or get the annotation
     101             */
     102            String id = annot.getUri();
     103            if (id == null) {
     104                id = createRessourceURI("annot:");
     105            }
     106            annotNode = getOrCreateAnnotationNode(id);
     107
    98108            /*
    99109             * the annotation body
    … …  
    113123            String targetBaseUri = annot.getTargetBaseUri();
    114124            if (targetBaseUri != null) {
    115                 Node target = createTargetNode(targetBaseUri);
    116                 annotNode.createRelationshipTo(target, RelationTypes.ANNOTATES);
     125                Node target = getOrCreateTargetNode(targetBaseUri);
     126                getOrCreateRelation(annotNode, RelationTypes.ANNOTATES, target);
    117127            }
    118128
    … …  
    128138
    129139            /*
     140             * The name of the creator of this annotation.
     141             */
     142            String creatorName = annot.getCreatorName();
     143
     144            /*
    130145             * The URI of the creator of this annotation.
    131146             */
    132147            String creatorUri = annot.getCreatorUri();
    133148            if (creatorUri != null) {
    134                 Node creator = createPersonNode(creatorUri, null);
    135                 creator.createRelationshipTo(annotNode, RelationTypes.CREATED);
     149                Node creator = getOrCreatePersonNode(creatorUri, creatorName);
     150                getOrCreateRelation(creator, RelationTypes.CREATED, annotNode);
    136151            }
    137152
    … …  
    181196            if (target != null) {
    182197                Iterable<Relationship> relations = target.getRelationships(RelationTypes.ANNOTATES);
    183                 for (Relationship relation: relations) {
     198                for (Relationship relation : relations) {
    184199                    Node ann = relation.getStartNode();
    185200                    if (ann.getProperty("TYPE", "").equals("ANNOTATION")) {
    … …  
    187202                        annotations.add(annot);
    188203                    } else {
    189                         logger.error("ANNOTATES relation does not start with ANNOTATION: "+ann);
     204                        logger.error("ANNOTATES relation does not start with ANNOTATION: " + ann);
    190205                    }
    191206                }
    … …  
    198213            if (person != null) {
    199214                Iterable<Relationship> relations = person.getRelationships(RelationTypes.CREATED);
    200                 for (Relationship relation: relations) {
     215                for (Relationship relation : relations) {
    201216                    Node ann = relation.getEndNode();
    202217                    if (ann.getProperty("TYPE", "").equals("ANNOTATION")) {
    … …  
    204219                        annotations.add(annot);
    205220                    } else {
    206                         logger.error("CREATED relation does not end with ANNOTATION: "+ann);
     221                        logger.error("CREATED relation does not end with ANNOTATION: " + ann);
    207222                    }
    208223                }
    … …  
    212227    }
    213228
    214     protected Node createAnnotationNode(String id) {
     229    protected Relationship getOrCreateRelation(Node start, RelationshipType type, Node end) {
     230        if (start.hasRelationship()) {
     231            // there are relations
     232            Iterable<Relationship> rels = start.getRelationships(type, Direction.OUTGOING);
     233            for (Relationship rel : rels) {
     234                if (rel.getEndNode().equals(end)) {
     235                    // relation exists
     236                    return rel;
     237                }
     238            }
     239        }
     240        // create new one
     241        Relationship rel;
     242        Transaction tx = graphDb.beginTx();
     243        try {
     244            rel = start.createRelationshipTo(end, type);
     245            tx.success();
     246        } finally {
     247            tx.finish();
     248        }
     249        return rel;
     250    }
     251
     252    protected Node getOrCreateAnnotationNode(String id) {
    215253        Index<Node> idx = graphDb.index().forNodes("annotations");
    216254        IndexHits<Node> annotations = idx.get("id", id);
    … …  
    232270    }
    233271
    234     protected Node createTargetNode(String uri) {
     272    protected Node getOrCreateTargetNode(String uri) {
    235273        Index<Node> idx = graphDb.index().forNodes("targets");
    236274        IndexHits<Node> targets = idx.get("uri", uri);
    … …  
    252290    }
    253291
    254     protected Node createPersonNode(String uri, String name) {
     292    protected Node getOrCreatePersonNode(String uri, String name) {
    255293        Index<Node> idx = graphDb.index().forNodes("persons");
    256294        // Person is identified by URI
    … …  
    291329    }
    292330
    293 
    294331}

  • src/main/java/de/mpiwg/itgroup/annotations/restlet/AnnotatorResourceImpl.java

    r4 r5  
    99import java.security.InvalidKeyException;
    1010import java.security.SignatureException;
     11import java.text.SimpleDateFormat;
    1112import java.util.ArrayList;
     13import java.util.Calendar;
    1214import java.util.List;
    1315import java.util.regex.Matcher;
    … …  
    178180     */
    179181    public JSONObject createAnnotatorJson(Annotation annot) {
     182        // return user as a JSON object (otherwise just as string)
    180183        boolean makeUserObject = true;
    181184        JSONObject jo = new JSONObject();
    … …  
    198201                userObject.put("id", userId);
    199202                // get full name
    200                 RestServer restServer = (RestServer) getApplication();
    201                 String userName = restServer.getUserNameFromLdap(userId);
     203                String userName = annot.getCreatorName();
     204                if (userName == null) {
     205                    RestServer restServer = (RestServer) getApplication();
     206                    userName = restServer.getFullNameFromLdap(userId);
     207                }
    202208                userObject.put("name", userName);
    203209                // save user object
    … …  
    241247        try {
    242248            for (String xpointer : xpointers) {
    243                 String decoded = URLDecoder.decode(xpointer, "utf-8");
     249                //String decoded = URLDecoder.decode(xpointer, "utf-8");
     250                String decoded = xpointer;
    244251                Matcher m = rg.matcher(decoded);
    245252
    … …  
    266273            // TODO Auto-generated catch block
    267274            e.printStackTrace();
    268         } catch (UnsupportedEncodingException e) {
    269             // TODO Auto-generated catch block
    270             e.printStackTrace();
    271         }
    272 
     275        }
    273276        return ja;
    274277    }
    … …  
    282285        try {
    283286            for (String xpointer : xpointers) {
    284                 String decoded = URLDecoder.decode(xpointer, "utf-8");
     287                //String decoded = URLDecoder.decode(xpointer, "utf-8");
     288                String decoded = xpointer;
    285289                Matcher m = rg.matcher(decoded);
    286290
    … …  
    300304            // TODO Auto-generated catch block
    301305            e.printStackTrace();
    302         } catch (UnsupportedEncodingException e) {
    303             // TODO Auto-generated catch block
    304             e.printStackTrace();
    305         }
    306 
     306        }
    307307        return ja;
    308308    }
    309309
    310     protected String parseArea(JSONObject area) throws JSONException, UnsupportedEncodingException {
     310    protected String parseArea(JSONObject area) throws JSONException {
    311311        String x = area.getString("x");
    312312        String y = area.getString("y");
    … …  
    317317            height = area.getString("height");
    318318        }
    319         String fragment = URLEncoder.encode(String.format("xywh=fraction:%s,%s,%s,%s", x, y, width, height), "utf-8");
     319        String fragment = String.format("xywh=fraction:%s,%s,%s,%s", x, y, width, height);
    320320        return fragment;
    321321    }
    322322
    323     protected String parseRange(JSONObject range) throws JSONException, UnsupportedEncodingException {
     323    protected String parseRange(JSONObject range) throws JSONException {
    324324        String start = range.getString("start");
    325325        String end = range.getString("end");
    … …  
    327327        String endOffset = range.getString("endOffset");
    328328
    329         String fragment = URLEncoder.encode(String.format(
     329        String fragment = String.format(
    330330                "xpointer(start-point(string-range(\"%s\",%s,1))/range-to(end-point(string-range(\"%s\",%s,1))))", start,
    331                 startOffset, end, endOffset), "utf-8");
     331                startOffset, end, endOffset);
    332332        return fragment;
    333333    }
    334334
    335335    /**
    336      * creates an Annotation object with data from JSON.
     336     * Creates an Annotation object with data from JSON.
    337337     *
    338338     * uses the specification from the annotator project: {@link https
    … …  
    352352    }
    353353
     354    /**
     355     * Updates an Annotation object with data from JSON.
     356     *
     357     * uses the specification from the annotator project: {@link https
     358     * ://github.com/okfn/annotator/wiki/Annotation-format}
     359     *
     360     * The username will be transformed to an URI if not given already as URI,
     361     * if not it will set to the MPIWG namespace defined in
     362     * de.mpiwg.itgroup.annotationManager.Constants.NS
     363     *
     364     * @param annot
     365     * @param jo
     366     * @return
     367     * @throws JSONException
     368     * @throws UnsupportedEncodingException
     369     */
    354370    public Annotation updateAnnotation(Annotation annot, JSONObject jo, Representation entity) throws JSONException,
    355371            UnsupportedEncodingException {
    356         // annotated uri
     372        // target uri
    357373        if (jo.has("uri")) {
    358374            annot.setTargetBaseUri(jo.getString("uri"));
    … …  
    397413            username = authUser;
    398414        }
    399         // username should be a URI, if not it will set to the MPIWG namespace
    400         // defined in
    401         // de.mpiwg.itgroup.annotationManager.Constants.NS
     415        // try to get full name
     416        if (username != null) {
     417            RestServer restServer = (RestServer) getApplication();
     418            String fullName = restServer.getFullNameFromLdap(username);
     419            annot.setCreatorName(fullName);
     420        }
     421        // userUri should be a URI, if not it will set to the MPIWG namespace
    402422        if (userUri == null) {
    403423            if (username.startsWith("http")) {
    … …  
    408428        }
    409429        // TODO: should we overwrite the creator?
     430        if (annot.getCreatorUri() == null) {
     431            annot.setCreatorUri(userUri);
     432        }
     433       
     434        if (annot.getCreated() == null) {
     435            // set creation date
     436            SimpleDateFormat format = new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd'T'HH:mm:ss'Z'");
     437            String ct = format.format(Calendar.getInstance().getTime());
     438            annot.setCreated(ct);
     439        }
    410440
    411441        // create xpointer from the first range/area

  • src/main/java/de/mpiwg/itgroup/annotations/restlet/RestServer.java

    r4 r5  
    4141    public String CONSUMER_KEYS_PATH = "WEB-INF/consumerkeys.property";
    4242
     43    private Properties serverConfig;
     44    public String CONFIG_PROPS_PATH = "WEB-INF/serverconfig.property";
     45
    4346    private GraphDatabaseService graphDb;
    4447    public static final String GRAPHDB_KEY = "annotationmanager.graphdb";
    45     public String DB_PATH = "WEB-INF/neo4j-annotation-db";
     48    public static final String GRAPHDB_PATH_KEY = "annotationmanager.graphdb.path";
     49    public String graphdbPath = "WEB-INF/neo4j-annotation-db";
    4650
    4751    private WrappingNeoServerBootstrapper srv;
    … …  
    6468                .get("org.restlet.ext.servlet.ServletContext");
    6569        if (sc != null) {
     70            /*
     71             * read config from webapp
     72             */
     73            serverConfig = new Properties();
     74            InputStream ps1 = getResourceAsStream(sc, CONFIG_PROPS_PATH);
     75            if (ps1 != null) {
     76                logger.debug("loading config from " + CONFIG_PROPS_PATH);
     77                try {
     78                    serverConfig.load(ps1);
     79                    /*
     80                     * read serverconfig options
     81                     */
     82                    graphdbPath = serverConfig.getProperty(GRAPHDB_PATH_KEY, graphdbPath);
     83                } catch (IOException e) {
     84                    logger.warn("Error loading server config: ", e);
     85                }
     86                logger.debug("config: " + serverConfig);
     87            } else {
     88                logger.error("Unable to get resource " + CONFIG_PROPS_PATH);
     89            }
    6690            // look for database service in context
    6791            graphDb = (GraphDatabaseService) sc.getAttribute(GRAPHDB_KEY);
    … …  
    7094                 * open database
    7195                 */
    72                 String dbFn = getResourcePath(sc, DB_PATH);
     96                String dbFn = getResourcePath(sc, graphdbPath);
    7397                if (dbFn != null) {
    7498                    logger.debug("opening DB " + dbFn);
    … …  
    87111                    srv.start();
    88112                } else {
    89                     logger.error("Unable to get resource " + DB_PATH);
     113                    logger.error("Unable to get resource " + dbFn);
    90114                }
    91115            }
    … …  
    94118             */
    95119            consumerKeys = new Properties();
    96             InputStream ps = getResourceAsStream(sc, CONSUMER_KEYS_PATH);
    97             if (ps != null) {
     120            InputStream ps2 = getResourceAsStream(sc, CONSUMER_KEYS_PATH);
     121            if (ps2 != null) {
    98122                logger.debug("loading consumer keys from " + CONSUMER_KEYS_PATH);
    99123                try {
    100                     consumerKeys.load(ps);
     124                    consumerKeys.load(ps2);
    101125                } catch (IOException e) {
    102126                    // TODO Auto-generated catch block
    … …  
    155179     * @return
    156180     */
    157     public String getUserNameFromLdap(String creator) {
     181    public String getFullNameFromLdap(String creator) {
    158182        String retString = creator; // falls nichts gefunden wird einfach den
    159183                                    // creator zurueckgeben
    … …  
    163187
    164188        // TODO: should go into config file
    165         String ldapUrl = "ldap://ldapreplik.mpiwg-berlin.mpg.de/dc=mpiwg-berlin,dc=mpg,dc=de";
     189        String ldapUrl = "ldap://ldap.mpiwg-berlin.mpg.de/dc=mpiwg-berlin,dc=mpg,dc=de";
    166190        env.put(javax.naming.Context.PROVIDER_URL, ldapUrl);
    167191
    … …  
    175199        }
    176200
    177         String base = "ou=People";
     201        String base = "ou=people";
    178202
    179203        SearchControls sc = new SearchControls();
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.