Mercurial > hg > duomoOWLProject
annotate src/de/mpiwg/dwinter/duomo/lexdump/OWLImporter.java @ 5:923e73fa07f1
Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
| author | dwinter |
|---|---|
| date | Mon, 07 Feb 2011 16:51:38 +0100 |
| parents | 72004a788198 |
| children | 19e40abb3e8a |
| rev | line source |
|---|---|
| 0 | 1 package de.mpiwg.dwinter.duomo.lexdump; |
| 2 | |
| 3 import java.io.File; | |
|
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4 import java.io.FileWriter; |
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|
5 import java.io.IOException; |
| 0 | 6 import java.net.URI; |
| 7 import java.net.URISyntaxException; | |
| 8 import java.util.ArrayList; | |
| 9 import java.util.Collection; | |
| 10 import java.util.HashMap; | |
| 11 import java.util.Iterator; | |
| 12 import java.util.List; | |
| 13 | |
| 14 import org.apache.log4j.Logger; | |
| 15 | |
| 16 import edu.stanford.smi.protege.exception.OntologyLoadException; | |
| 17 import edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL; | |
| 18 import edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaOWLModel; | |
| 19 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.OWLClass; | |
| 20 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.OWLDatatypeProperty; | |
| 21 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.OWLIndividual; | |
| 22 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.OWLNamedClass; | |
| 23 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.RDFProperty; | |
| 24 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.RDFSDatatype; | |
| 25 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.RDFSLiteral; | |
| 26 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.DefaultRDFProperty; | |
| 27 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.impl.DefaultRDFSLiteral; | |
| 28 import edu.stanford.smi.protegex.owl.repository.RepositoryManager; | |
| 29 import edu.stanford.smi.protegex.owl.repository.impl.LocalFolderRepository; | |
| 30 | |
| 31 public class OWLImporter { | |
| 32 | |
| 33 JenaOWLModel owlModel; // contains the model | |
| 34 Logger logger = Logger.getRootLogger(); | |
|
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35 FileWriter fh; |
| 0 | 36 private HashMap<String, String> typeId2className=null; |
| 37 private HashMap<String, OWLNamedClass> typeId2class=null; | |
| 4 | 38 private String ontFolder; |
| 39 private URI uri; | |
| 0 | 40 |
| 41 public OWLImporter(String folder, URI uri) throws OntologyLoadException { | |
| 42 // owlModel = ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(uri); | |
| 43 | |
| 4 | 44 this.ontFolder=folder; |
| 45 this.uri=uri; | |
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46 try { |
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47 this.fh= new FileWriter(new File("/tmp/identifier")); |
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48 } catch (IOException e) { |
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49 // TODO Auto-generated catch block |
|
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50 e.printStackTrace(); |
|
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|
51 } |
| 4 | 52 loadOWL(folder, uri); |
| 53 } | |
| 54 | |
| 55 public void reloadOWL() throws OntologyLoadException{ | |
| 56 loadOWL(ontFolder, uri); | |
| 57 } | |
| 58 | |
| 59 public void loadOWL(String folder, URI uri) throws OntologyLoadException { | |
| 0 | 60 owlModel = ProtegeOWL.createJenaOWLModel(); |
| 61 // Load repository | |
| 62 RepositoryManager rman = owlModel.getRepositoryManager(); | |
| 63 | |
| 64 // Add working directory to repository manager. | |
| 65 File workingDirectory = new File(folder); | |
| 66 rman.addGlobalRepository(new LocalFolderRepository(workingDirectory)); | |
| 67 // Load ontology | |
| 68 | |
| 69 ((JenaOWLModel) owlModel).load(uri, "OWL-DL"); | |
| 70 } | |
| 71 | |
| 72 /** | |
| 73 * Drucke das Modell nach stdout | |
| 74 */ | |
| 75 public void printModel() { | |
| 76 Collection<?> classes = owlModel.getUserDefinedOWLNamedClasses(); | |
| 77 for (Iterator<?> it = classes.iterator(); it.hasNext();) { | |
| 78 OWLNamedClass cls = (OWLNamedClass) it.next(); | |
| 79 Collection<?> instances = cls.getInstances(false); | |
| 80 System.out.println("Class " + cls.getBrowserText() + " (" | |
| 81 + instances.size() + ")"); | |
| 82 for (Iterator<?> jt = instances.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 83 OWLIndividual individual = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 84 System.out.println(" - " + individual.getBrowserText()); | |
| 85 } | |
| 86 } | |
| 87 | |
| 88 } | |
| 89 | |
| 90 public static void main(String args[]) throws URISyntaxException { | |
| 91 String base = "/Users/dwinter/Documents/Projekte/Diss - data-mining/eclipseWorkspace/de.mpiwg.dwinter.duomo/owlInput"; | |
| 92 URI ontologieUri = new URI( | |
| 93 "file:///Users/dwinter/Documents/Projekte/Diss%20-%20data-mining/eclipseWorkspace/de.mpiwg.dwinter.duomo/owlInput/duomoAnalysis.owl"); | |
| 94 try { | |
| 95 | |
| 96 OWLImporter im = new OWLImporter(base, ontologieUri); | |
| 97 im.printModel(); | |
| 98 } catch (OntologyLoadException e) { | |
| 99 // TODO Auto-generated catch block | |
| 100 e.printStackTrace(); | |
| 101 } | |
| 102 } | |
| 103 | |
| 104 public OWLIndividual createInstance(String string) { | |
| 105 OWLNamedClass owlclass = (OWLNamedClass) owlModel | |
| 106 .getOWLNamedClass(string); | |
| 107 | |
| 108 if (owlclass == null) { | |
| 109 logger.debug("Cannot find OWLClass:" + string); | |
| 110 return null; | |
| 111 } | |
| 112 //logger.debug("Create new individual of type:"+string); | |
| 113 return owlclass.createOWLIndividual(null); | |
| 114 | |
| 115 } | |
| 116 | |
| 117 public void setProperty(OWLIndividual identifier, String propertyName, | |
| 118 Object value) { | |
| 119 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName); | |
| 120 identifier.setPropertyValue(prop, value); | |
| 121 | |
| 122 } | |
| 123 | |
| 124 public void setDataTypePropery(OWLIndividual eventInstance, | |
| 125 String propertyName, String value, String lang) { | |
| 126 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName); | |
| 127 // if(OWLDatatypeProperty.class.isInstance(prop)){ | |
| 128 // OWLDatatypeProperty dp = (OWLDatatypeProperty)prop; | |
| 129 // prop.set | |
| 130 // | |
| 131 // } else { | |
| 132 // logger.error("Is not a datatypeprop:"+propertyName); | |
| 133 // } | |
| 134 | |
| 135 | |
| 136 RDFSLiteral langLiteral = owlModel.createRDFSLiteral(value, lang); | |
| 137 eventInstance.setPropertyValue(prop, langLiteral); | |
| 138 | |
| 139 | |
| 140 } | |
| 141 | |
| 142 public Object getRelatedIndividual(OWLIndividual cardInd, | |
| 143 String propertyName) { | |
| 144 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName); | |
| 145 if (prop == null) { | |
| 146 logger.debug("Property does not exist:" + propertyName); | |
| 147 } | |
| 148 | |
| 149 Object value = cardInd.getPropertyValue(prop); | |
| 150 return value; | |
| 151 } | |
| 152 | |
|
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153 |
| 0 | 154 public OWLIndividual getIndividual(String classNameFrom, |
| 155 String propertyNameToClass, String classNameTo, | |
| 156 String propertyName2, Object value) { | |
|
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157 return getIndividual(classNameFrom, |
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158 propertyNameToClass, classNameTo, |
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159 propertyName2, value, true); |
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160 } |
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161 |
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162 |
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163 public OWLIndividual getIndividual(String classNameFrom, |
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164 String propertyNameToClass, String classNameTo, |
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|
165 String propertyName2, Object value,boolean subclasses) { |
| 0 | 166 |
| 167 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName2); | |
| 168 | |
| 169 OWLClass classTo = owlModel.getOWLNamedClass(classNameTo); | |
|
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170 Collection<?> instances = classTo.getInstances(subclasses); |
| 0 | 171 OWLIndividual toIv = null; |
| 172 // Such individiual mit propertyName2 und Wert value | |
| 173 for (Iterator<?> jt = instances.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 174 OWLIndividual iv = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 175 Object propVal = iv.getPropertyValue(prop); | |
| 176 | |
| 177 if (propVal!=null && iv.getPropertyValue(prop).equals(value)) { | |
| 178 toIv = iv; | |
| 179 break; | |
| 180 } | |
| 181 } | |
| 182 | |
| 183 // kein treffer | |
| 184 if (toIv == null) | |
| 185 return null; | |
| 186 | |
| 187 // jetzt suche das Invidual, dass mit dieser Instance verbunden ist | |
| 188 RDFProperty prop2 = owlModel.getRDFProperty(propertyNameToClass); | |
| 189 | |
| 190 OWLClass classFrom = owlModel.getOWLNamedClass(classNameFrom); | |
| 191 Collection<?> instancesFrom = classFrom.getInstances(true); | |
| 192 OWLIndividual fromIv = null; | |
| 193 // Such individiual mit propertyName2 und Wert value | |
| 194 for (Iterator<?> jt = instancesFrom.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 195 OWLIndividual iv = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 196 Object propValue = iv.getPropertyValue(prop2); | |
| 197 if (propValue!=null && iv.getPropertyValue(prop2).equals(toIv)) { | |
| 198 fromIv = iv; | |
| 199 break; | |
| 200 } | |
| 201 } | |
| 202 | |
| 203 return fromIv; | |
| 204 } | |
| 205 | |
| 206 public List<OWLIndividual> getIndividuals(String classNameFrom, | |
| 207 String propertyNameToClass, String classNameTo, | |
| 208 String propertyName2, Object value) { | |
| 209 | |
| 210 List<OWLIndividual> returnList= new ArrayList<OWLIndividual>(); | |
| 211 | |
| 212 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName2); | |
| 213 | |
| 214 OWLClass classTo = owlModel.getOWLNamedClass(classNameTo); | |
| 215 Collection<?> instances = classTo.getInstances(true); | |
| 216 OWLIndividual toIv = null; | |
| 217 // Such individiual mit propertyName2 und Wert value | |
| 218 for (Iterator<?> jt = instances.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 219 OWLIndividual iv = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 220 if (iv.getPropertyValue(prop).equals(value)) { | |
| 221 toIv = iv; | |
| 222 break; | |
| 223 } | |
| 224 } | |
| 225 | |
| 226 // kein treffer | |
| 227 if (toIv == null) | |
| 228 return null; | |
| 229 | |
| 230 // jetzt suche das Invidual, dass mit dieser Instance verbunden ist | |
| 231 RDFProperty prop2 = owlModel.getRDFProperty(propertyNameToClass); | |
| 232 | |
| 233 OWLClass classFrom = owlModel.getOWLNamedClass(classNameFrom); | |
| 234 Collection<?> instancesFrom = classFrom.getInstances(true); | |
| 235 //OWLIndividual fromIv = null; | |
| 236 // Such individiual mit propertyName2 und Wert value | |
| 237 for (Iterator<?> jt = instancesFrom.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 238 OWLIndividual iv = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 239 if (iv.getPropertyValue(prop2).equals(toIv)) { | |
| 240 returnList.add(iv); | |
| 241 break; | |
| 242 } | |
| 243 } | |
| 244 | |
| 245 return returnList; | |
| 246 } | |
| 247 | |
| 248 public List<OWLIndividual> getIndividuals(String className, String propertyName, | |
| 249 OWLIndividual targetInd) { | |
| 250 List<OWLIndividual> returnList= new ArrayList<OWLIndividual>(); | |
| 251 | |
| 252 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName); | |
| 253 | |
| 254 OWLClass cls = owlModel.getOWLNamedClass(className); | |
| 255 | |
| 256 Collection<?> instances = cls.getInstances(true); | |
| 257 // Such individiual mit propertyName2 und Wert value | |
| 258 for (Iterator<?> jt = instances.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 259 OWLIndividual iv = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 260 if (iv.getPropertyValue(prop).equals(targetInd)) { | |
| 261 returnList.add(iv); | |
| 262 | |
| 263 } | |
| 264 } | |
| 265 | |
| 266 return returnList; | |
| 267 } | |
| 268 | |
| 269 public OWLIndividual createTimeSpan(String dateDcStart, String dateDcEnd) { | |
| 270 OWLIndividual timeSpan = createInstance("DatesDocument"); | |
| 271 | |
| 272 | |
| 273 | |
| 274 setProperty(timeSpan, "has_readable_date", dateDcStart); | |
| 275 | |
| 276 if(!(dateDcEnd==null || dateDcEnd.equals(""))){ | |
| 277 setProperty(timeSpan, "has_readable_to_date", dateDcEnd); | |
| 278 } else { | |
| 279 dateDcEnd=dateDcStart; | |
| 280 } | |
| 281 | |
| 282 OWLIndividual timeSpanIdentifier = createInstance("Identifier"); | |
| 283 setProperty(timeSpanIdentifier,"has_readable_id",dateDcStart+"-"+dateDcEnd); | |
| 284 | |
| 285 setProperty(timeSpan,"crm:P48_has_preferred_identifier",timeSpanIdentifier); | |
| 286 | |
| 287 return timeSpan; | |
| 288 } | |
| 289 | |
| 290 public OWLIndividual getIndividualByReadableId(String className,String identifier){ | |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
291 return getIndividual(className, "crm:P48_has_preferred_identifier", "Identifier", "has_readable_id", identifier, true); |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
292 } |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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4
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293 |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
294 public OWLIndividual getIndividualByReadableId(String className,String identifier, String classNameIdentifier,boolean subclassedIdentifier){ |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
295 return getIndividual(className, "crm:P48_has_preferred_identifier", classNameIdentifier, "has_readable_id", identifier,subclassedIdentifier); |
| 0 | 296 } |
| 297 | |
| 298 public String getClassNameFromTypeId(String typeId) { | |
| 299 if (typeId2className==null){ // hash nicht angelegt | |
| 300 createTypeId2classHashes(); | |
| 301 } | |
| 302 | |
| 303 return typeId2className.get(typeId); | |
| 304 | |
| 305 } | |
| 306 | |
| 307 private void createTypeId2classHashes() { | |
| 308 typeId2className= new HashMap<String,String>(); | |
| 309 typeId2class= new HashMap<String,OWLNamedClass>(); | |
| 310 | |
| 311 Collection<?> classes = owlModel.getUserDefinedOWLNamedClasses(); | |
| 312 | |
| 313 RDFProperty property = owlModel.getRDFProperty("duomoTypeID"); | |
| 314 for (Iterator<?> it = classes.iterator(); it.hasNext();) { | |
| 315 OWLNamedClass cls = (OWLNamedClass) it.next(); | |
| 316 String tid = (String) cls.getPropertyValue(property); | |
| 317 if(tid!=null){ | |
| 318 typeId2class.put(tid, cls); | |
| 319 typeId2className.put(tid, cls.getName()); | |
| 320 logger.debug("Adding to typId2className:"+tid+"---"+cls.getName()); | |
| 321 } | |
| 322 } | |
| 323 } | |
| 324 | |
| 325 public OWLNamedClass getClassFromTypeId(String typeId) { | |
| 326 if (typeId2className==null){ // hash nicht angelegt | |
| 327 createTypeId2classHashes(); | |
| 328 } | |
| 329 | |
| 330 return typeId2class.get(typeId); | |
| 331 } | |
| 332 | |
| 333 public void save(String string) throws URISyntaxException, Exception { | |
| 334 owlModel.save(new URI(string)); | |
| 335 | |
| 336 } | |
| 337 | |
| 338 public OWLIndividual createOrGetInstanceWithIdentifier(String classNameInstance, | |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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339 String classNameIdentifier, String identifier,boolean followSubclasses) { |
|
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changeset
|
340 OWLIndividual ind = getIndividualByReadableId(classNameInstance, identifier,classNameIdentifier,followSubclasses); |
| 0 | 341 if(ind==null){ |
| 342 ind = createInstance(classNameInstance); | |
| 343 OWLIndividual identifierInd = createInstance(classNameIdentifier); | |
| 344 setProperty(identifierInd, "has_readable_id", identifier); | |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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345 try { |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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changeset
|
346 fh.write(classNameInstance+" --" +classNameIdentifier+"---"+identifier+"\n"); |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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changeset
|
347 fh.flush(); |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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changeset
|
348 } catch (IOException e) { |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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349 // TODO Auto-generated catch block |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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changeset
|
350 e.printStackTrace(); |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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parents:
4
diff
changeset
|
351 } |
| 0 | 352 setProperty(ind, "crm:P48_has_preferred_identifier", |
| 3 | 353 identifierInd); |
| 0 | 354 } |
| 2 | 355 return ind; |
| 0 | 356 } |
| 357 } |