Mercurial > hg > duomoOWLProject
annotate src/de/mpiwg/dwinter/duomo/lexdump/OWLImporter.java @ 7:19e40abb3e8a
bug in istit
| author | dwinter |
|---|---|
| date | Wed, 09 Feb 2011 16:36:36 +0100 |
| parents | 923e73fa07f1 |
| children | 919e9f3b5efd |
| rev | line source |
|---|---|
| 0 | 1 package de.mpiwg.dwinter.duomo.lexdump; |
| 2 | |
| 3 import java.io.File; | |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
dwinter
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4 import java.io.FileWriter; |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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4
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changeset
|
5 import java.io.IOException; |
| 0 | 6 import java.net.URI; |
| 7 import java.net.URISyntaxException; | |
| 8 import java.util.ArrayList; | |
| 9 import java.util.Collection; | |
| 10 import java.util.HashMap; | |
| 11 import java.util.Iterator; | |
| 12 import java.util.List; | |
| 13 | |
| 14 import org.apache.log4j.Logger; | |
| 15 | |
| 16 import edu.stanford.smi.protege.exception.OntologyLoadException; | |
| 17 import edu.stanford.smi.protegex.owl.ProtegeOWL; | |
| 18 import edu.stanford.smi.protegex.owl.jena.JenaOWLModel; | |
| 19 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.OWLClass; | |
| 20 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.OWLIndividual; | |
| 21 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.OWLNamedClass; | |
| 22 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.RDFProperty; | |
| 23 import edu.stanford.smi.protegex.owl.model.RDFSLiteral; | |
| 24 import edu.stanford.smi.protegex.owl.repository.RepositoryManager; | |
| 25 import edu.stanford.smi.protegex.owl.repository.impl.LocalFolderRepository; | |
| 26 | |
| 27 public class OWLImporter { | |
| 28 | |
| 29 JenaOWLModel owlModel; // contains the model | |
| 30 Logger logger = Logger.getRootLogger(); | |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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changeset
|
31 FileWriter fh; |
| 0 | 32 private HashMap<String, String> typeId2className=null; |
| 33 private HashMap<String, OWLNamedClass> typeId2class=null; | |
| 4 | 34 private String ontFolder; |
| 35 private URI uri; | |
| 0 | 36 |
| 37 public OWLImporter(String folder, URI uri) throws OntologyLoadException { | |
| 38 // owlModel = ProtegeOWL.createJenaOWLModelFromURI(uri); | |
| 39 | |
| 4 | 40 this.ontFolder=folder; |
| 41 this.uri=uri; | |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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42 try { |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
43 this.fh= new FileWriter(new File("/tmp/identifier")); |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
44 } catch (IOException e) { |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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45 // TODO Auto-generated catch block |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
46 e.printStackTrace(); |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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4
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changeset
|
47 } |
| 4 | 48 loadOWL(folder, uri); |
| 49 } | |
| 50 | |
| 51 public void reloadOWL() throws OntologyLoadException{ | |
| 52 loadOWL(ontFolder, uri); | |
| 53 } | |
| 54 | |
| 55 public void loadOWL(String folder, URI uri) throws OntologyLoadException { | |
| 0 | 56 owlModel = ProtegeOWL.createJenaOWLModel(); |
| 57 // Load repository | |
| 58 RepositoryManager rman = owlModel.getRepositoryManager(); | |
| 59 | |
| 60 // Add working directory to repository manager. | |
| 61 File workingDirectory = new File(folder); | |
| 62 rman.addGlobalRepository(new LocalFolderRepository(workingDirectory)); | |
| 63 // Load ontology | |
| 64 | |
| 65 ((JenaOWLModel) owlModel).load(uri, "OWL-DL"); | |
| 66 } | |
| 67 | |
| 68 /** | |
| 69 * Drucke das Modell nach stdout | |
| 70 */ | |
| 71 public void printModel() { | |
| 72 Collection<?> classes = owlModel.getUserDefinedOWLNamedClasses(); | |
| 73 for (Iterator<?> it = classes.iterator(); it.hasNext();) { | |
| 74 OWLNamedClass cls = (OWLNamedClass) it.next(); | |
| 75 Collection<?> instances = cls.getInstances(false); | |
| 76 System.out.println("Class " + cls.getBrowserText() + " (" | |
| 77 + instances.size() + ")"); | |
| 78 for (Iterator<?> jt = instances.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 79 OWLIndividual individual = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 80 System.out.println(" - " + individual.getBrowserText()); | |
| 81 } | |
| 82 } | |
| 83 | |
| 84 } | |
| 85 | |
| 86 public static void main(String args[]) throws URISyntaxException { | |
| 87 String base = "/Users/dwinter/Documents/Projekte/Diss - data-mining/eclipseWorkspace/de.mpiwg.dwinter.duomo/owlInput"; | |
| 88 URI ontologieUri = new URI( | |
| 89 "file:///Users/dwinter/Documents/Projekte/Diss%20-%20data-mining/eclipseWorkspace/de.mpiwg.dwinter.duomo/owlInput/duomoAnalysis.owl"); | |
| 90 try { | |
| 91 | |
| 92 OWLImporter im = new OWLImporter(base, ontologieUri); | |
| 93 im.printModel(); | |
| 94 } catch (OntologyLoadException e) { | |
| 95 // TODO Auto-generated catch block | |
| 96 e.printStackTrace(); | |
| 97 } | |
| 98 } | |
| 99 | |
| 100 public OWLIndividual createInstance(String string) { | |
| 101 OWLNamedClass owlclass = (OWLNamedClass) owlModel | |
| 102 .getOWLNamedClass(string); | |
| 103 | |
| 104 if (owlclass == null) { | |
| 105 logger.debug("Cannot find OWLClass:" + string); | |
| 106 return null; | |
| 107 } | |
| 108 //logger.debug("Create new individual of type:"+string); | |
| 109 return owlclass.createOWLIndividual(null); | |
| 110 | |
| 111 } | |
| 112 | |
| 113 public void setProperty(OWLIndividual identifier, String propertyName, | |
| 114 Object value) { | |
| 115 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName); | |
| 116 identifier.setPropertyValue(prop, value); | |
| 117 | |
| 118 } | |
| 119 | |
| 120 public void setDataTypePropery(OWLIndividual eventInstance, | |
| 121 String propertyName, String value, String lang) { | |
| 122 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName); | |
| 123 // if(OWLDatatypeProperty.class.isInstance(prop)){ | |
| 124 // OWLDatatypeProperty dp = (OWLDatatypeProperty)prop; | |
| 125 // prop.set | |
| 126 // | |
| 127 // } else { | |
| 128 // logger.error("Is not a datatypeprop:"+propertyName); | |
| 129 // } | |
| 130 | |
| 131 | |
| 132 RDFSLiteral langLiteral = owlModel.createRDFSLiteral(value, lang); | |
| 133 eventInstance.setPropertyValue(prop, langLiteral); | |
| 134 | |
| 135 | |
| 136 } | |
| 137 | |
| 138 public Object getRelatedIndividual(OWLIndividual cardInd, | |
| 139 String propertyName) { | |
| 140 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName); | |
| 141 if (prop == null) { | |
| 142 logger.debug("Property does not exist:" + propertyName); | |
| 143 } | |
| 144 | |
| 145 Object value = cardInd.getPropertyValue(prop); | |
| 146 return value; | |
| 147 } | |
| 148 | |
|
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149 |
| 0 | 150 public OWLIndividual getIndividual(String classNameFrom, |
| 151 String propertyNameToClass, String classNameTo, | |
| 152 String propertyName2, Object value) { | |
|
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153 return getIndividual(classNameFrom, |
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|
154 propertyNameToClass, classNameTo, |
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|
155 propertyName2, value, true); |
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156 } |
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157 |
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158 |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
159 public OWLIndividual getIndividual(String classNameFrom, |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
160 String propertyNameToClass, String classNameTo, |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
161 String propertyName2, Object value,boolean subclasses) { |
| 0 | 162 |
| 163 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName2); | |
| 164 | |
| 165 OWLClass classTo = owlModel.getOWLNamedClass(classNameTo); | |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
166 Collection<?> instances = classTo.getInstances(subclasses); |
| 0 | 167 OWLIndividual toIv = null; |
| 168 // Such individiual mit propertyName2 und Wert value | |
| 169 for (Iterator<?> jt = instances.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 170 OWLIndividual iv = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 171 Object propVal = iv.getPropertyValue(prop); | |
| 172 | |
| 173 if (propVal!=null && iv.getPropertyValue(prop).equals(value)) { | |
| 174 toIv = iv; | |
| 175 break; | |
| 176 } | |
| 177 } | |
| 178 | |
| 179 // kein treffer | |
| 180 if (toIv == null) | |
| 181 return null; | |
| 182 | |
| 183 // jetzt suche das Invidual, dass mit dieser Instance verbunden ist | |
| 184 RDFProperty prop2 = owlModel.getRDFProperty(propertyNameToClass); | |
| 185 | |
| 186 OWLClass classFrom = owlModel.getOWLNamedClass(classNameFrom); | |
| 187 Collection<?> instancesFrom = classFrom.getInstances(true); | |
| 188 OWLIndividual fromIv = null; | |
| 189 // Such individiual mit propertyName2 und Wert value | |
| 190 for (Iterator<?> jt = instancesFrom.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 191 OWLIndividual iv = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 192 Object propValue = iv.getPropertyValue(prop2); | |
| 193 if (propValue!=null && iv.getPropertyValue(prop2).equals(toIv)) { | |
| 194 fromIv = iv; | |
| 195 break; | |
| 196 } | |
| 197 } | |
| 198 | |
| 199 return fromIv; | |
| 200 } | |
| 201 | |
| 202 public List<OWLIndividual> getIndividuals(String classNameFrom, | |
| 203 String propertyNameToClass, String classNameTo, | |
| 204 String propertyName2, Object value) { | |
| 205 | |
| 206 List<OWLIndividual> returnList= new ArrayList<OWLIndividual>(); | |
| 207 | |
| 208 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName2); | |
| 209 | |
| 210 OWLClass classTo = owlModel.getOWLNamedClass(classNameTo); | |
| 211 Collection<?> instances = classTo.getInstances(true); | |
| 212 OWLIndividual toIv = null; | |
| 213 // Such individiual mit propertyName2 und Wert value | |
| 214 for (Iterator<?> jt = instances.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 215 OWLIndividual iv = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 216 if (iv.getPropertyValue(prop).equals(value)) { | |
| 217 toIv = iv; | |
| 218 break; | |
| 219 } | |
| 220 } | |
| 221 | |
| 222 // kein treffer | |
| 223 if (toIv == null) | |
| 224 return null; | |
| 225 | |
| 226 // jetzt suche das Invidual, dass mit dieser Instance verbunden ist | |
| 227 RDFProperty prop2 = owlModel.getRDFProperty(propertyNameToClass); | |
| 228 | |
| 229 OWLClass classFrom = owlModel.getOWLNamedClass(classNameFrom); | |
| 230 Collection<?> instancesFrom = classFrom.getInstances(true); | |
| 231 //OWLIndividual fromIv = null; | |
| 232 // Such individiual mit propertyName2 und Wert value | |
| 233 for (Iterator<?> jt = instancesFrom.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 234 OWLIndividual iv = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 235 if (iv.getPropertyValue(prop2).equals(toIv)) { | |
| 236 returnList.add(iv); | |
| 237 break; | |
| 238 } | |
| 239 } | |
| 240 | |
| 241 return returnList; | |
| 242 } | |
| 243 | |
| 244 public List<OWLIndividual> getIndividuals(String className, String propertyName, | |
| 245 OWLIndividual targetInd) { | |
| 246 List<OWLIndividual> returnList= new ArrayList<OWLIndividual>(); | |
| 247 | |
| 248 RDFProperty prop = owlModel.getRDFProperty(propertyName); | |
| 249 | |
| 250 OWLClass cls = owlModel.getOWLNamedClass(className); | |
| 251 | |
| 252 Collection<?> instances = cls.getInstances(true); | |
| 253 // Such individiual mit propertyName2 und Wert value | |
| 254 for (Iterator<?> jt = instances.iterator(); jt.hasNext();) { | |
| 255 OWLIndividual iv = (OWLIndividual) jt.next(); | |
| 256 if (iv.getPropertyValue(prop).equals(targetInd)) { | |
| 257 returnList.add(iv); | |
| 258 | |
| 259 } | |
| 260 } | |
| 261 | |
| 262 return returnList; | |
| 263 } | |
| 264 | |
| 265 public OWLIndividual createTimeSpan(String dateDcStart, String dateDcEnd) { | |
| 266 OWLIndividual timeSpan = createInstance("DatesDocument"); | |
| 267 | |
| 268 | |
| 269 | |
| 270 setProperty(timeSpan, "has_readable_date", dateDcStart); | |
| 271 | |
| 272 if(!(dateDcEnd==null || dateDcEnd.equals(""))){ | |
| 273 setProperty(timeSpan, "has_readable_to_date", dateDcEnd); | |
| 274 } else { | |
| 275 dateDcEnd=dateDcStart; | |
| 276 } | |
| 277 | |
| 278 OWLIndividual timeSpanIdentifier = createInstance("Identifier"); | |
| 279 setProperty(timeSpanIdentifier,"has_readable_id",dateDcStart+"-"+dateDcEnd); | |
| 280 | |
| 281 setProperty(timeSpan,"crm:P48_has_preferred_identifier",timeSpanIdentifier); | |
| 282 | |
| 283 return timeSpan; | |
| 284 } | |
| 285 | |
| 286 public OWLIndividual getIndividualByReadableId(String className,String identifier){ | |
|
5
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
dwinter
parents:
4
diff
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|
287 return getIndividual(className, "crm:P48_has_preferred_identifier", "Identifier", "has_readable_id", identifier, true); |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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4
diff
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|
288 } |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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4
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|
289 |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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4
diff
changeset
|
290 public OWLIndividual getIndividualByReadableId(String className,String identifier, String classNameIdentifier,boolean subclassedIdentifier){ |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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parents:
4
diff
changeset
|
291 return getIndividual(className, "crm:P48_has_preferred_identifier", classNameIdentifier, "has_readable_id", identifier,subclassedIdentifier); |
| 0 | 292 } |
| 293 | |
| 294 public String getClassNameFromTypeId(String typeId) { | |
| 295 if (typeId2className==null){ // hash nicht angelegt | |
| 296 createTypeId2classHashes(); | |
| 297 } | |
| 298 | |
| 299 return typeId2className.get(typeId); | |
| 300 | |
| 301 } | |
| 302 | |
| 303 private void createTypeId2classHashes() { | |
| 304 typeId2className= new HashMap<String,String>(); | |
| 305 typeId2class= new HashMap<String,OWLNamedClass>(); | |
| 306 | |
| 307 Collection<?> classes = owlModel.getUserDefinedOWLNamedClasses(); | |
| 308 | |
| 309 RDFProperty property = owlModel.getRDFProperty("duomoTypeID"); | |
| 310 for (Iterator<?> it = classes.iterator(); it.hasNext();) { | |
| 311 OWLNamedClass cls = (OWLNamedClass) it.next(); | |
| 312 String tid = (String) cls.getPropertyValue(property); | |
| 313 if(tid!=null){ | |
| 314 typeId2class.put(tid, cls); | |
| 315 typeId2className.put(tid, cls.getName()); | |
| 316 logger.debug("Adding to typId2className:"+tid+"---"+cls.getName()); | |
| 317 } | |
| 318 } | |
| 319 } | |
| 320 | |
| 321 public OWLNamedClass getClassFromTypeId(String typeId) { | |
| 322 if (typeId2className==null){ // hash nicht angelegt | |
| 323 createTypeId2classHashes(); | |
| 324 } | |
| 325 | |
| 326 return typeId2class.get(typeId); | |
| 327 } | |
| 328 | |
| 329 public void save(String string) throws URISyntaxException, Exception { | |
| 330 owlModel.save(new URI(string)); | |
| 331 | |
| 332 } | |
| 333 | |
| 334 public OWLIndividual createOrGetInstanceWithIdentifier(String classNameInstance, | |
|
5
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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parents:
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|
335 String classNameIdentifier, String identifier,boolean followSubclasses) { |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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4
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changeset
|
336 OWLIndividual ind = getIndividualByReadableId(classNameInstance, identifier,classNameIdentifier,followSubclasses); |
| 0 | 337 if(ind==null){ |
| 338 ind = createInstance(classNameInstance); | |
| 339 OWLIndividual identifierInd = createInstance(classNameIdentifier); | |
| 340 setProperty(identifierInd, "has_readable_id", identifier); | |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
341 try { |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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4
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changeset
|
342 fh.write(classNameInstance+" --" +classNameIdentifier+"---"+identifier+"\n"); |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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changeset
|
343 fh.flush(); |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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|
344 } catch (IOException e) { |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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4
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changeset
|
345 // TODO Auto-generated catch block |
|
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Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
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parents:
4
diff
changeset
|
346 e.printStackTrace(); |
|
923e73fa07f1
Minor changes, Suche nach Objekten nach readableId jetzt einschraenkbar, nicht auf subclassen ausweiten.
dwinter
parents:
4
diff
changeset
|
347 } |
| 0 | 348 setProperty(ind, "crm:P48_has_preferred_identifier", |
| 3 | 349 identifierInd); |
| 0 | 350 } |
| 2 | 351 return ind; |
| 0 | 352 } |
| 7 | 353 |
| 354 | |
| 0 | 355 } |